A Reserva Natural das Ilhas Desertas, constituída pelo Ilhéu Chão, Deserta Grande e Bugio, é considerada um importante local de nidificação para muitas aves marinhas, abrigando algumas espécies endémicas e sensíveis.
Na sua área 4 tipos de habitats são protegidos pela Diretiva Habitats: enseadas ou baías pouco profundas (1160), arribas ou falésias com flora endémica das costas macaronésicas (1250), matos termomediterrânicos pré-desérticos (5330) e grutas marinhas submersas ou semi-submersas (8330).
Esta reserva natural alberga 38 espécies protegidas pelas Diretivas Aves ou Habitats: 10 plantas com flor, 1 invertebrado, 2 mamíferos, 1 réptil e 24 aves. Entre elas, 5 são espécies alvo no projeto LIFE Natura@night: freira-do-bugio (Pterodroma deserta), cagarra (Calonectris borealis), alma-negra (Bulweria bulwerii), roque-de-castro (Hydrobates castro) e pintainho (Puffinus lherminieri).
